A 2020/21-es tanévtől kezdődően további értesítésig nem veszünk fel hallgatókat erre a programra.
A CEU Közgazdaságtudományi Doktori Iskola a 2000/2001-es tanévben kezdte el működését. A program először az Egyesült Államokban, majd 2005-től Magyarországon is akkreditálva lett. A doktori képzésbe évente 7-8 új hallgató nyer felvételt. Az oktatás angol nyelven, az amerikai PhD programok szerkezetét és tartalmát követve folyik. A program napra kész tudást nyújt az elméleti közgazdaságtanban, a kvantitatív módszerekben, és számos alkalmazott közgazdasági területen. A doktori iskola biztosítéka a nemzetközi oktatói kar, amely a közgazdaságtudományok számos területén folytat kutatásokat. A program célja, hogy oktatói, kutatói és közszolgálati életpályákra készítse fel a hallgatókat.